EXHIBIT 3.1



                     Restated Certificate of Incorporation
                         of the Surviving Corporation

          FIRST: The name of the corporation (hereinafter called the
"Corporation") is 3-Dimensional Pharmaceuticals, Inc.

          SECOND: The address, including street, number, city, and county, of
the registered office of the Corporation in the State of Delaware is Corporate
Trust Center, 1209 Orange Street, Wilmington, Delaware 19801, County of New
Castle; and the name of the registered agent of the Corporation in the State
of Delaware at such address is The Corporation Trust Company.

          THIRD: The purpose of the Corporation is to engage in any lawful act
or activity for which corporations may be organized under the General
Corporation Law of the State of Delaware.

          FOURTH: The aggregate number of shares which the Corporation shall
have authority to issue is 1,000 shares of Common Stock, par value $0.01 per
share.

          FIFTH: In furtherance and not in limitation of the powers conferred
upon it by law, the Board of Directors of the Corporation is expressly
authorized to adopt, amend or repeal the By-laws of the Corporation.

          SIXTH: To the fullest extent permitted by the General Corporation
Law of the State of Delaware as it now exists and as it may hereafter be
amended, no director or officer of the Corporation shall be personally liable
to the Corporation or any of its stockholders for monetary damages for breach
of fiduciary duty as a director or officer; provided, however, that nothing
contained in this Article SIXTH shall eliminate or limit the liability of a
director or officer (i) for any breach of the director's or officer's duty of
loyalty to the Corporation or its stockholders, (ii) for acts or omissions not
in good faith or which involve intentional misconduct or a knowing violation
of law, (iii) pursuant to Section 174 of the General Corporation Law of the
State of Delaware or (iv) for any transaction from which the director or
officer derived an improper personal benefit. No amendment to or repeal of
this Article SIXTH shall apply to or have any effect on the liability or
alleged liability of any director or officer of the Corporation for or with
respect to any acts or omissions of such director or officer occurring prior
to such amendment or repeal.

          SEVENTH: The Corporation shall, to the fullest extent permitted by
Section 145 of the General Corporation Law of the





State of Delaware, as the same may be amended and supplemented, indemnify any
and all persons whom it shall have power to indemnify under said Section from
and against any and all of the expenses, liabilities, or other matters
referred to in or covered by said Section. Such indemnification shall be
mandatory and not discretionary. The indemnification provided for herein shall
not be deemed exclusive of any other rights to which those indemnified may be
entitled under any by-law, agreement, vote of stockholders or disinterested
directors or otherwise, both as to action in his or her official capacity and
as to action in another capacity while holding such office, and shall continue
as to a person who has ceased to be a director, officer, employee, or agent
and shall inure to the benefit of the heirs, executors, and administrators of
such a person. Any repeal or modification of this Article SEVENTH shall not
adversely affect any right to indemnification of any persons existing at the
time of such repeal or modification with respect to any matter occurring prior
to such repeal or modification.

          The Corporation shall to the fullest extent permitted by the General
Corporation Law of the State of Delaware advance all costs and expenses
(including, without limitation, attorneys' fees and expenses) incurred by any
director or officer within 15 days of the presentation of same to the
Corporation, with respect to any one or more actions, suits or proceedings,
whether civil, criminal, administrative or investigative, so long as the
Corporation receives from the director or officer an unsecured undertaking to
repay such expenses if it shall ultimately be determined that such director or
officer is not entitled to be indemnified by the Corporation under the General
Corporation Law of the State of Delaware. Such obligation to advance costs and
expenses shall be mandatory, and not discretionary, and shall include, without
limitation, costs and expenses incurred in asserting affirmative defenses,
counterclaims and cross claims. Such undertaking to repay may, if first
requested in writing by the applicable director or officer, be on behalf of
(rather than by) such director or officer, provided that in such case the
Corporation shall have the right to approve the party making such undertaking.

          EIGHTH: Unless and except to the extent that the By-laws of the
Corporation shall so require, the election of directors of the Corporation
need not be by written ballot.